يهدف تحديد الأسباب الأكثر احتمالية إلى توفير الجهد والوقت وتوجيه الطاقة نحو الأسباب الأكثر تأثير في حل المشكلة وينبغي في هذه المرحلة عدم الالتفات إلى الحلول غير الجذرية إلا عندما تقتضي مرحلة التقويم ذلك. ويمكن استخدام قانون "باريتو" لتحديد الأسباب الجوهرية للمشكلة الذي ينص على أن 80% من النتائج يمكن أن تعزي عادة إلى 20% من الأسباب.
لتحديد أسباب المشكلة يستخدم إستراتيجية العصف الذهني لتوليد أفكار الأسباب. ويمكن توجيه عملية العصف عن طريق تحديد مجالات الأسباب باستخدام طريقة عظم السمكه مثلا (الإيشيكتوا).